以下是結膜炎的治療基本方法：
　　1、執行眼部接觸隔離。
　　2、分泌物多者，用生理鹽水、硼酸水或抗生素溶液沖洗結膜囊每日數次，并滴或涂磺胺類、抗生素溶液或眼膏，4～6/d。也可用1%硝酸銀涂布瞼結膜，隨即用生理鹽水沖洗。
　　3、炎癥嚴重或分泌物多，局部治療療效不佳者，可全身用磺胺藥或抗生素。
　　4、對流行性出血性結膜炎可用生理鹽水沖洗，3/d，1%～5%鹽酸嗎啉胍溶液及類固醇液滴眼等治療。如伴有全身癥狀， 可請傳染科會診。醫護人員接觸患者后，應用0.1%過氧乙酸溶液洗手，防止交叉感染。
　　5、對流行性結膜角膜炎，可用1：4000高錳酸鉀液洗眼，每日數次，并可選用1%～5%鹽酸嗎啉胍溶液、0.1%皰疹凈（IDU）液、0.05%環胞苷液、抗生素眼膏或溶液等滴眼。
　　6、急性結膜炎癥狀消退后，須繼續滴藥1周，但次數可酌情減少。
　　7、慢性結膜炎注意病因治療，如為普通型慢性結膜炎，可使用復方硫酸新霉素滴眼液進行治療一次2-3滴 , 一日4-8 次或遵醫囑，使用前請注意說明書。紅霉素眼藥水也可以有效的治療角膜炎結膜炎等，需配合紅霉素眼藥膏使用（晚睡前使用）使用前請注意說明書。如有慢性淚囊炎者應先治療， 找不到原因者可加用0.5%硫酸鋅等滴眼。

　　8、泡性結膜炎、春季卡他性結膜炎，可加用類固醇、冷凍療法等治療。

　　若是急性病毒性結膜炎，可點用類固醇（可地松）眼藥水，以減輕病情。細菌性結膜炎，則須投與抗生素藥水、藥膏，甚至口服或注射抗生素。

　　治療慢性結膜炎，必須先找出原因。若是環境刺激原引起的，則盡量減少接觸刺激源，如減少到公共場所（尤其是密閉室內）、減少接觸吸煙及燃燒廢棄物之煙灰。若是過敏原引起的，則避免接觸花粉、油漆、灰塵。

　　若長期使用眼藥水或眼藥膏所引起的，可先停用眼藥一段時間，點用不含藥物及防腐劑之眼藥水（如生理食鹽水或人工淚液）；而以毛巾熱敷眼部（閉眼睛）一天三至四次，每次五至十分鐘，也是簡單易行而有效之方法。

　　若是慢性眼瞼炎引起，結膜炎的治療要花一段時間。將眼瞼緣之分泌物清理干凈；擠壓瞼板腺；以嬰兒洗發精洗凈睫毛毛根（每天三、四次）；熱敷并點消炎藥膏等方法都有助益。